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云南省寄生虫病防治所成立于2001年，其前身云南省疟疾防治研究所始建于1957年，是云南省政府设立的疾病预防控制公共卫生服务单位，隶属于云南省卫生健康委员会（原省卫生计生委、省卫生厅）。服务宗旨为“预防为主、防治结合，保障安全、促进健康”，其工作职责和范围为寄生虫病、虫媒病毒性疾病及新发、再发虫媒传染病的预防与控制、监测检验与评价、防治应用研究与指导、突发卫生事件应急处置、健康咨询、卫生宣教与健康教育、防治培训与技术指导、诊断试剂和治疗药品临床试验研究、对外合作与交流。
云南省寄生虫病防治所是云南省最早系统从事疟疾防治研究工作的防疫机构，目前，云南省寄生虫病分会也挂靠在此。
职能职责：省寄防所在省卫生健康委的领导下，具体负责制定、组织和实施全省寄生虫病、虫媒病毒性疾病及新发、再发蚊媒传染病防治规划，开展对外合作与交流，为各级政府和卫生行政部门提供预防控制工作的相关信息，为基层组织和周边国家培训相关领域专业技术人员。组织开展流行病学调查、现场防治及技术指导、效果评价与质控研究、卫生宣传教育、健康咨询与诊疗服务、技能培训和卫生应急事件处置等多种方式履行 “有效预防和控制全省寄生虫病、虫媒病毒性疾病发生和流行”的职能。
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